運動能力が高く、形態的異常のない精子を選びます。
顕微授精では、卵子1個に精子を1個ずつ注入していくわけですが、その精子の選別は胚培養士（エンブリオロジスト）の手（眼）によってなされます。
多くの場合は、たまたま培養士の顕微鏡の視野を横切ることになった、高速でまっすぐ泳ぐ運動能力の高い精子や精子の頭部や尾部に形態的な異常がない精子が、選別されることになります。
“偶然の出会い”が赤ちゃんの遺伝情報を決めることになりますので、この人為的な行程に抵抗を感じる方もおられるかもしれません。
ただ、自然妊娠の場合も、運動能力の高さや運の良さによって最初に卵子の中へ潜り込んだ精子が、ほぼ同時に卵子を取り囲んだ精子の中でもっとも遺伝的に優秀であるとは限らないという点では、“偶然の出会い”であることに変わりはないのかもしれないですね。
そのほかの選別法としては、高倍率の顕微鏡を使って頭部をていねいに観察し、空胞があるものを除外するというIMSI（イムジー／Intracytoplasmic morphyologically selected sperm injection）という技術を用いている施設もあります。
視野が狭くなるため精子選別に時間を要するというデメリットもあり、有用性については議論がなされています。
また、ヒアルロン酸に結合する精子は精子核の染色体異常やDＮＡダメージが少ないと報告されていることからヒアルロン酸結合精子を選んで顕微授精を行うHA-ICSIを実施している施設もあります。
運動能力が高いことや形態が標準的であることは、確かに受精率を引き上げますが、遺伝的に正常であることは保証してくれません。
本来であれば、妊娠率を上げ流産率を下げるためにも染色体や遺伝子に問題のない精子を完全に選別できれば理想ですが、見た目からは、そのような精子を判別する術がないのが現状です。
